所谓成本，就是指医疗机构在营运过程中所有的费用支出,可区分为两大类「已耗用」与「未耗用」的支出。其管理观念与方法，依经营管理者之理念不同而有所不同。
对于能创造收益者，其管理考量在于能否有更大效益,因此其多寡与大小并非主要的思考重点;而不能创造效益者是一种损失，应该要加强管理。至于资产部分则应该以较长期效益为思考分析的重点。
医疗机构基于社会的责任，在于提供病患最优良品质的医疗服务・而不论病患之身份地位或其支付医疗费用的能力。然后尽其所能在高品质医疗服务下,降低成本以达成机构永续经管的目标。
对于无力负担医疗费用者,除政府、社区及善心人士提供支援或捐款外,有时亦须由医疗机构本着慈善事业救济人群的角色,提供免费的医疗服务或是相当数额的折扣,亦有医疗机构籍由本身所提拨的社会福利基金,或外界人士的捐款提供各种基金,作为对弱势族群协助其免于因经济障碍而造成无法接受医疗困境的特殊用途。
由于成本控制与管理是医疗机构经营的两大主轴,因此对于医疗机构成本的特性应有所了解。
一般而言,医疗机构的成本有下列几项特性：
因为组织的结构丶医疗设施与建筑物的特殊性，医疗机构直接可认定的成本包括:用人成本、药材成本、仪器设备使用成本及事务成本等，其他的成本大都属于公共性的成本,例如医院大厅丶等候室丶会议厅丶电梯丶卫生间等建筑设备成本。又如水、电、空调丶燃料等成本・因为缺乏明确的归属数据,因此在认定每个标的成本的技术是相当困难的。
医疗机构因其疗作业的复杂性与连贯性,因此每个单位的切割不若一般生产事业单位的独立性高。况且医疗机构的组织,其部门单位的数量很多,各医务部门彼此缺乏明确的层级关系，是属于一种网状的互动关系,而分摊公共成本的金额相当大且性质各有不同,因此不易有一简单且有效率的分摊方法，例如:水电空调的成本,除非各科室均安装水电表,否则很难明确划分各单位的成本。
医疗机构为了便于成本的汇集，分析与运用，通常会将所发生的成本加以分类,分类的方式如下：
一、从成本控制的角度来看,包括：
❶标准成本:标准成本的设定，可作为比较的基础。
❷目标成本:机构或部门想要达到成本控制的目标值。
❸估计成本:活动或作业进行前所预估的成本。
❹实际成本:活动或作业发生后实际支出的成本。
二、从经营的角度来看，包括：
❶采购成本:为进行疗服务活动所需购置药材、仪器、原物料等采购作业活动所需的成本。
❷用人成本:人员的薪资、福利、保险、奖金类等费用属之。
❸设备成本:建筑物、医疗仪器、各种设施等属之。
❹管理费用:行政管理人员的薪资与相关活动费用等属之
三、从成本的层次角度来看，包括:
❶单位成本:指某一单位执行医疗作业或处置等所需花费的成本。
❷部门成本：指某一部门从事相关活动或作业所花费的成本。
❸总成本:指整个机构所发生的成本。
四、从成本之控制责任角度来看，包括：
❶可控制成本:指部门的管用发生可以在自已的操控范围内，例如:加班费用、药材管用等。
❷不可控制成本：指成本的费用不在自己的控制范围之内，例如清洁费用的分担丶水电费用的分担等。
五、从服务量的角度来看,包括：
❶变动成本:指成本的增加会随着服务量的增加而增加,随着服务量减少而减少,例如:医疗耗材丶药品费用、病患餐食数量等。
❷固定成本:指在一定的范围内,保持一个固定总金额,不因所提供患者服务量之变动而变动之成本。例如:人员的薪资就是一种固定成本,设备的折旧费用也是固定成本。
❸半变动成本:指与服务量不成等比例变动的成本。例如：维修费、燃油或瓦斯费等就可能是半变动成本。
六、从经营决策的角度来看，包括：
❶差别成本∶指不同选择方案之间所相差的成本。
❷机会成本∶指从事某项活动,而放弃执行某替代活动的成本。例如∶将银行存款投资于仪器的购买,所损失的存款利息就是一种机会成本。
❸边际成本:指每增加一个生产单位所增加的成本。
七、从成本对其成本标的之可追溯性的角度来看,包括:
❶直接成本:指某一部门或成本中心为提供某项服务,而可以物理方法或直接追溯成本之发生,并可归由该部门或成本中心直接控制或负责的成本。医疗机构提供病患医疗服务、处置或治疗所发生之成本,可以直接归属至成本标的(成本中心或医疗服务项目)·以做内部控制与管理基础者,这些成本称之为“直接成本”。例如:护理人员的薪资，系因直接服务病患所发生，因此即为该医疗服务项目的直接成本。❷间接成本∶除提供医疗服务而发生直接成本之外,未能直接归入成本标的之任何成本。换言之，为协助医疗服务的作业，或无法从成本标的中直接确认之成本，即为“间接成本”。此类成本在内部控制或管理上,成本须经合理分摊基础归入成本标的,以作为成本衡量的方法。间接成本通常透过分摊的方式,才能将所发生的成本,分配至被分配的部门,或使用的成本中心。例如:将行政管理的成本如企划部门或会计部门等单位之费用’分摊至收益部门在分摊过程中,由于涉及计算的步骤、分摊方法与依据的因素等,将导致不一样的结果,因此对于分摊的方式与过程，管理必须特别审慎考量。
